Hallo Robert,

ich plane ebenfalls im Sommer alleine M-V zu gehen. Ich empfehle Dir zunächst, die Wanderführer beider Alpenüberquerungen zu besorgen. Dann kannst Du die Streckenprofile sowie die Lagen der Hütten direkt miteinander vergleichen.
Ich habe mich dabei für die M-V-Route entschieden, weil die Streckenführung über die Alpen (Karwendel-Tuxer Hauptkamm-Dolomiten) mir persönlich reizvoller erschienen als die des E5. Das ist aber reine Ansichtssache.
Ansonsten wünsche ich Dir viel Spaß bei der Auswahl und beiden Vorbereitungen.

Gruß Frank